Po vyhĺbení obilnej jamy nasledovala jej ďalšia úprava, za účelom spevnenia stien a zlepšenia vlastností skladovania. Steny sa často dlhodobo vypaľovali, čím sa dosiahla ich pevnosť a zamedzilo sa opadávaniu. Bežným bol tiež jemný výmaz ílom, ale i vystielanie slamou, pre zlepšenie izolácie. Poznáme aj prípady, kedy sa vnútorný priestor predeľoval a skladovali sa tak v jednej obilnej jame oddelene viaceré druhy obilia, alebo aj strukoviny. Po vložení obilnej zásoby sa na vrch dôkladne utesneného hrdla zvyčajne umiestňoval kamenný alebo drevený poklop, prípadne bola nad jamou navŕšená hlina, či postavená strieška. Tu si treba uvedomiť, že bezprostredne po otvorení obilnej jamy bolo potrebné mnohokrát aj veľkú zásobu urýchlene spotrebovať, respektíve premiestniť. Pokusy tiež dokázali, že zásoba, ktorá nebola v jame viac ako jeden rok, mala veľmi dobrú klíčivosť a bola teda rovnako vhodná na výsev, ako inak uskladnené obilie. Obilné jamy boli bežne používané dlhodobo, pričom sa pred ďalším naplnením z dôvodu dezinfekcie zväčša len opätovne vypálili, eventuálne vymazali.

Z hľadiska morfológie je geometricky najlepším tvarom obilnej jamy guľa, keďže v jej prípade sa najmenšia časť objemu obilia dotýka stien, respektíve je v jej blízkosti. V praxi sa však dá rozlíšiť viacero tvarov obilných jám. Kým v období praveku prevládali predovšetkým jamy kužeľovitej alebo lievikovitej profilácie, v období protohistórie a stredoveku sa už častejšie stretávame aj s inými tvarmi. Problémom pri identifikácii pôvodného tvaru obilnej jamy v archeologických prameňoch sú často depozičné a postdepozičné procesy (súbor procesov, ktoré vplývali na obilnú jamu po skončení jej primárnej funkcie ako obilnice, až po jej vykopanie archeológmi). Otázkou je po akú dobu bola obilná jama otvorená a ponechaná poveternostným podmienkam, a do akej miery tento fakt prispel k zmene jej pôvodného tvaru. Názorným príkladom na zmenu a skreslenie nachádzaných archeologických štruktúr môže byť príklad zmeny tvaru výkopu ryhy pre elektrické vedenie po jednom roku, respektíve jednej silnej letnej búrke.

Prítomnosť obilných jám na lokalite nemusí určovať len samotné podložie. Na miestach v blízkosti vodných tokov, kde preniká spodná voda pochopiteľne hĺbenie jám neprichádza do úvahy. Rovnako nebolo možné ich budovať ani na výšinných hradiskách, kde je malá vrstva pôdy a podložie tvoria kamene. Okrem prírodných podmienok, zohrávali pri hĺbení obilných jám, respektíve ich rozmiestnení na sídlisku úlohu aj spoločenské faktory. Rôzne vzorce rozmiestnenia obilných jám sú dobre známe z etnografie a zreteľne rozpoznateľné aj v archeologických prameňoch. Obilné jamy mohli byť na sídliskách budované zvlášť –v blízkosti konkrétnych domov, napríklad na eneolitickom sídlisku v Jelšovciach, ale aj pospolu uprostred osady, či celkom mimo v blízkosti polí. Tu je zaujímavé sa zamyslieť nad možnými vlastníckymi vzťahmi, ktoré sa v archeologických prameňoch veľmi ťažko objasňujú. Otázkou je či mali konkrétne obilné jamy svojich vlastníkov, alebo boli zásoby spoločné, a potom akým systémom, respektíve kým boli prerozdeľované.

Problémom z pohľadu archeológie je tiež doloženie sýpok, keďže mohli byť budované nad zemou z organických materiálov. Problematické je to i pri pôdorysoch menších stavieb, ktoré mohli slúžiť ako sýpky, ale bez nálezov zuhoľnateného zrna to nie je možné s určitosťou potvrdiť. O skladovaní obilia sa pritom uvažuje aj na povalách, prípadne na špeciálne upravených miestach alebo v osobitých objektoch.