Na území Slovenska sa v súčasnosti eviduje vyše 6000 jaskýň (k 1.1. 2013). Približne tretina z nich bola v dávnej minulosti osídlená. Odhliadnuc od mnohorakých príčin ich osídľovania niekdajším človekom sa archeologickým výskumom jaskýň zaoberá samostatné odvetvie archeológie, nazývané speleoarcheológia. Predmetom jej záujmu sú pamiatky materiálnej kultúry („vykopávky“) a získavanie poznatkov o ľudskej spoločnosti z jedného druhu nálezísk – z jaskýň, priepastí a previsov (abri). Ide o rozličné predmety dennej potreby vyhotovené obyvateľmi jaskýň, ktoré zahodili, stratili alebo zanechali pri odchode. Menšia časť jaskýň, najmä vertikálnych (priepastí), bola zapojená do sféry kultu či náboženstva. Jaskyne sa najčastejšie využívali ako dočasné sídliská, ktoré človek často opakovane vyhľadával. Menšia časť poskytla doklady funerálneho využitia (pohrebiská). Či už to boli predmety z kameňa, kosti, hliny, resp. z kovu, časom ich zakryli jaskynné sedimenty, preto ležia spravidla pod nánosmi hliny a kameňov. Vo vzácnych prípadoch nepokračovalo holocénne usadzovanie sedimentov v jaskyni, predovšetkým v zadných priestoroch niektorých jaskýň alebo ak sa pôvodný jaskynný otvor uzatvoril zrútením vchodu. Príkladom je u nás jaskyňa Aksamitka v Pieninách (Haligovce) a jaskyňa Domica v Slovenskom krase (Kečovo).

Výskumom jaskýň sa zaoberá archeológ s osobitnou odbornou spôsobilosťou, ktorý má s výskumom v jaskynnom prostredí isté skúsenosti a vedomosti. Len výnimočne osídlil človek jaskyne v určitom – jednom období, potom bol vchod zasypaný (či už zámerne alebo prirodzene) a ďalšie osídľovanie nepokračovalo (azda jaskyňa Domica v neolite). Vo väčšine prípadov bolijaskyne opakovane osídľované počas viacerých úsekov praveku, niekedy až po stredovek a novovek. Viacnásobné osídlenie svojou superpozíciou v kultúrnych vrstvách umožňuje stanoviť ich relatívny vek. Znamená to, že mladšia vrstva leží v normálnych úložných pomeroch (neporušených výkopmi, splavmi...) v nadloží starších vrstiev. V našich jaskyniach zväčša chýbajú staršie pleistocénne sedimenty, a tak tu možno očakávať predovšetkým osídlenie zo stredného (Homo neanderthalensis) a mladého paleolitu (Homo sapiens sapiens), teda z rokov cca 150 000 až 8000 rokov pred Kr. Ich sfarbenie býva na rozdiel od holocénu svetlejšie a s väčším obsahom vápencovej štruktúry. Na osídlenie upozorňujú zvyšky prepálených ohniskových vrstiev, výskyt zvieracích kostí a nálezový inventár (najmä štiepané kamenné nástroje). Dominujú však nálezy z holocénu, datované do neolitu (5000 – 3500 pred Kr.), eneolitu (3800 – 2300/2200 pred Kr.), doby bronzovej (2300/2200 – 750/700 pred Kr.), železnej (750/700 pred Kr. – 0), rímskej (0 – 400 po Kr.) až po stredovek (rozhranie 15. – 16. storočia) a novovek (16. – 20. storočie).

Pred archeologickým výskumom sa musí jaskyňa podrobne zamerať, zakresliť a pôdorysne rozdeliť na štvorcovú sieť s rozmermi 1 x 1 m. Každý z týchto štvorcov sa ďalej rozdelí na 4 štvorce 50 x 50 cm a skúma sa po tenkých 5 cm vrstvičkách. Poloha každého významnejšieho nálezu sa zakresľuje do pôdorysného plánu a odfotografuje. Organickou súčasťou výskumu je začistenie a podrobné zakreslenie profilov s doloženým stratigrafickým rozlíšením vrstiev, pokiaľ možno s profilom vedeným zvnútra jaskyne až na predjaskynnú plošinu. Nálezový inventár z jednotlivých vrstiev odlíšených farebne a štruktúrou sedimentov a nálezov má chronologicko- kultúrnu platnosť a v ideálnom prípade sa celý preplavuje v sitách vo vode. Len podrobným preplavovaním možno nájsť drobné kosti hlodavcov, vtákov, schránky mäkkýšov, drobnotvaré štiepané kamenné artefakty a iné nálezy mikroli tických rozmerov. Uviesť možno neveľkú jaskyňu v Obłazowej v poľskej časti Pienin (Nowa Biała), v ktorej sa preplavili sedimenty zo všetkých doložených 22 vrstiev, čím sa získal pozoruhodný nálezový inventár od stredného paleolitu (moustérien), cez mladý paleolit (szeletien, aurignacien, pavlovien), dobu bronzovú až po stredovek, resp. novovek.

V jaskyniach s doloženým mladším osídlením (z dôb používania kovov), najmä v takých, kde je štruktúra sedimentov značne kamenistá či bahnistá, je nápomocný detektor kovov, ktorým sa nájdu aj kovové výrobky veľkosti okolo 1 mm. Takýmto spôsobom sa podarilo v niektorých slovenských jaskyniach (najmä na východnom Slovensku) objaviť za posledných 10 rokov pozoruhodné doklady peňazokazeckej činnosti z 15. až 17. storočia (jaskyňa Suchá diera pri Spišskej Teplici, Kláštorná jaskyňa a jaskyňa pri Zlatej diere v Letanovciach, Šarkanova diera a Chyža pri Poráči, jaskyňa Žihľavová diera v Turni nad Bodvou a Kamenná tvár v Háji), alebo unikátne svedectvá o úkryte ľudí pred mongolsko-tatárskymi vojskami v roku 1241 (Moldava nad Bodvou – Moldavská jaskyňa). Predmetom speleoarcheologického výskumu je zachrániť pamiatky hmotnej kultúry bez rozdielu ich veku a kultúrnej príslušnosti. Sledujú sa stopy pobytu pustovníkov, pytliakov, rasovo či ináč prenasledovaných ľudí a schovaných v jaskyniach počas 2. svetovej vojny, to znamená od 16. až po 20. storočie. Patrí tu tiež skúmanie epigrafických nápisov vyrytých a namaľovaných na steny jaskýň.

Nejeden speleológ sa počas kopáčskych prác v jaskynných sedimentoch stretol s archeologickým nálezom. Dominujú nálezy črepov, zvieracích kostí a ojedinelých mincí. Túžba po objave nových či väčších priestorov ho núti pokračovať v kopaní, čím sa nenávratne strácajú poznatky o stratigraficko-chronologickej pozícii nálezov a výpovednej hodnote. O archeologických nálezoch z jaskýň platí rovnaký zákon ako pri nálezoch z otvorených archeologických lokalít. Ide o zákon NR SR č. 49/2002 Z. z. o ochrane pamiatkového fondu (nadobudol účinnosť dňom 1. apríla 2002), z ktorého možno vybrať:
- výskum môže vykonávať len fyzická osoba s osobitnou odbornou spôsobilosťou v príslušnom odbore na základe osvedčenia vydaného Ministerstvom kultúry SR na 5 rokov
- na mieste, kde sa predpokladá ohrozenie pamiatkových hodnôt a archeologických nálezov, je nevyhnutné vykonať záchranný výskum (teda aj v prípade mnohých jaskynných nálezísk)
- ak ide o archeologický výskum, Krajský pamiatkový úrad (KPÚ) vydá rozhodnutie po predchádzajúcom vyjadrení Archeologického ústavu SAV Nitra - ak sa vec pamiatkovej hodnoty nájde mimo povoleného výskumu (čiže aj keď speleológ v jaskyni nájde archeologický nález, ide už o nepovolený výskum!), musí to nálezca ohlásiť KPÚ-u priamo alebo prostredníctvom obce. Oznámenie o náleze je povinný urobiť nálezca alebo osoba zodpovedná za vykonávanie prác, pri ktorých došlo k nálezu, najneskôr na druhý deň po jej nájdení
- nález sa musí ponechať bez zmeny až do obhliadky KPÚ-om alebo ním poverenou odborne spôsobilou osobou, najmenej však 3 pracovné dni odo dňa oznámenia nálezu, najmä zabezpečiť ho proti poškodeniu, znehodnoteniu, zničeniu a odcudzeniu. Archeologický nález môže vyzdvihnúť a premiestniť z pôvodného miesta a z nálezových súvislostí iba oprávnená osoba metódami archeologického výskumu
- archeologické nálezy sú majetkom SR
- archeologické náleziská eviduje AÚ SAV v CEANS (Centrálnej evidencii archeologických nálezísk SR) (každý archeologický nález z jaskyne musí byť nahlásený Archeologickému ústavu SAV). Skutočnosť je však, bohužiaľ, často iná. Najideálnejšie je v prípade archeologického nálezu hneď po objave v jaskyni prestať kopať, pokiaľ je to možné, nález ponechať „in situ“ (v pôvodnom uložení) a ohlásiť ho najbližšiemu archeológovi, ktorý by mal byť dôsledne poučený výkladom vyššie citovaného pamiatkového zákona. Len vtedy sa môže získať najpravdivejší obraz o rekonštrukcii života niekdajších obyvateľov jaskýň.